Значит, все в точности как у меня, и ошибки тут быть не может.
Поскольку координаты почти всех окон интерфейса хранятся в файле WindowsInfo.ini, ситуация с "выборочным сохранением настроек" выглядит как полтергейст, есть мысль, что игра все-таки пересоздает этот файл, либо он сохраняется неверно.
Или используемая учетка виндовс не администраторская, либо игра запускается на особых условиях (от имени администратора, или в режимах совместимости), чего делать не стоит.