Так расписали, что я уж думал, какой-то интересный вопрос)
Когда я паковал все эти иконки в *.utx, то не хотел тратить время еще и на сохранение их в .dds формат. Поэтому они добавлялись в .tga формате, что на самом деле является не совсем правильным, поскольку при таком сохранении могут возникать проблемы с отображением иконки при ее перемещении. Например, когда Вы перетаскиваете талисман с инвентаря на панель. Возможно, это и является причиной того, почему Вы не можете заменить с помощью L2Tool иконку в паке.
А вообще для правильного сохранения иконок необходимо использовать следующие параметры
И при импорте в UnrealED (если Вы этим пользуетесь) убрать галочку напротив опции Generate MIP Maps.
Возможно, когда-нибудь найду время, чтобы переформатировать все иконки в .dds и перепаковать текстуры.