Да не должен у тебя файл этот обновляться.. попробуй его открытым оставить вообще, еще перед тем, как апдейтер запустить даже, если галка "Только для чтения" не помогает.
И параметры вот такие поставь:
В разделе [Video]:
GamePlayViewportX=1920 (разрешение ставишь какое тебе нужно)
GamePlayViewportY=1080 (разрешение ставишь какое тебе нужно)
UseBorderlessWindow=False
StartupFullScreen=False
В разделе [Eglobal]:
UseWindowFrame=False